Bessere Daten für biochemische Reaktionen
Wie Systembiologen die Datenflut bewältigen – EML Research lud ein zum internationalen Nutzertreffen von SABIO-RK, einer Datenbank zur Kinetik biochemischer Reaktionen
Die Zelle als kleinste Einheit des Lebens ist ein Energiezentrum, in dem ständig chemische Reaktionen ablaufen. Die moderne Systembiologie will die Zelle in der Gesamtheit ihrer komplexen und dynamischen Abläufe verstehen und abbilden. Sie braucht deshalb dringend ablaufsbezogene, also kinetische Informationen der biochemischen Reaktionen. Entscheidend ist dabei, dass die Systembiologen die immense Fülle der experimentell gewonnenen Daten intuitiv nutzen können. SABIO-RK, eine der wenigen Datenbanken mit Informationen zur Reaktionskinetik, wurde unter der Leitung von Dr. Isabel Rojas in Heidelberg an der EML Research entwickelt, dem Forschungsinstitut der Klaus Tschira Stiftung. Die Datenbank hat Nutzer und Partner in der ganzen Welt. Sie trafen sich Mitte Juni in Heidelberg im Studio der Villa Bosch zum „SABIO-RK User Meeting“.
Die Motivation für das Treffen fasste Privatdozent Dr. Wolfgang Müller (EML Research) zusammen: „Die Systembiologie braucht präzise Daten, sie braucht auch Daten aus früheren, nur gedruckt vorliegenden Publikationen, und sie braucht die Daten aus einer Hand.“ Das unterstrich auch Prof. Dr. Ursula Kummer (Universität Heidelberg, Bioquant) in ihrem Vortrag über „SYCAMORE“, ein Werkzeug für die Systembiologie. Das Besondere daran ist, dass es nicht nur Rechenmethoden zur Verfügung stellt, sondern auch dem Biowissenschaftler dabei hilft, die richtige Methode auszuwählen. „Auch Wissenschaftler, die keine Experten in theoretischer Biochemie sind, finden so einen Zugang zu rechnerischen Methoden“, so Ursula Kummer. Um möglichst viele präzise kinetische Daten zu bekommen, ist „SYCAMORE“ direkt mit SABIO-RK verknüpft. Die Universität Heidelberg arbeitet auf diesem Gebiet eng mit den EML Research-Forschern zusammen. Prof. Kummer und ihre Gruppe sind von Anfang an „Power User“ der Datenbank, das heißt, sie können auftretende Probleme schnell und direkt melden und mit Verbesserungsvorschlägen die Weiterentwicklung von SABIO-RK beeinflussen.
Den größten Teil des Treffens nahmen die Tutorials ein, in denen die „Macher“ von SABIO-RK die verschiedenen Arbeitsprozesse gemeinsam mit den Teilnehmern durcharbeiteten: von der Dateneingabe über die Korrektur („biocuration“) und Annotation bis hin zum Datenexport für Simulationen und zu webbasierten Diensten.
Die Arbeit der „Biokuratoren“ ist dabei von besonderer Bedeutung. Sie bringen die Daten aus den verschiedenen Quellen „in Form“, dass heißt, sie prüfen sie genau, integrieren sie in die Datenbanken, und machen sie schließlich leicht zugänglich. „Biokuratoren“ stellen der wissenschaftlichen Gemeinschaft wichtige Ressourcen zur Verfügung – wie Bibliothekare in der riesigen Bibliothek des Lebens. Die Resonanz auf das Treffen war durchweg positiv.
Den Nutzer und seine Bedürfnisse in den Mittelpunkt der Forschung und der Softwareentwicklung zu stellen, ist eines der wichtigsten Ziele der EML Research und ihres Gründers Klaus Tschira. Für die Entwicklung von SABIO-RK bedeutet das regelmäßige Veranstaltungen für die Wissenschaftler, die die Datenbank aktiv nutzen.
