Das Rektorat ist für die Leitung der Hochschule zuständig. Es vertritt die Universität Heidelberg nach außen und koordiniert intern die Zusammenarbeit ihrer Mitglieder. Dem Rektorat gehören zwei hauptamtliche Mitglieder, der Rektor und die Kanzlerin, sowie vier nebenamtliche Prorektoren an. Die Amtszeit der hauptamtlichen Rektoratsmitglieder beträgt sechs Jahre. Die Prorektoren werden auf Vorschlag des Rektors vom Senat für drei Jahre gewählt. Innerhalb der Hochschulleitung ist jedes Mitglied für bestimmte Geschäftsbereiche zuständig.

Rektor der Universität
Prof. Dr. Bernhard Eitel

Prorektor für internationale Beziehungen
Prof. Dr. Thomas Pfeiffer

Prorektor für Forschung und Struktur
Prof. Dr. Thomas Rausch

Prorektor für Qualitätsentwicklung
Prof. Dr. Karlheinz Sonntag

Prorektorin für Studium und Lehre
Prof. Dr. Friederike Nüssel

Kanzlerin
Dr. Angela Kalous